Παρασκευάσματα ενζύμωνπροέρχονται από οργανισμούς και είναι γενικά ασφαλέστεροι και μπορούν να χρησιμοποιηθούν σε κατάλληλες ποσότητες ανάλογα με τις ανάγκες παραγωγής. Υπάρχουν τρεις μεγάλες ομάδες μικροοργανισμών που παράγουνπαρασκευάσματα ενζύμων: νηματοειδείς μύκητες, ζύμες και βακτήρια, που χρησιμοποιούν κυρίως καλά βακτηρίδια αέρα. Τα στελέχη και η χρήση διαφόρων κύριων βιομηχανικών ενζύμων έχουν ως εξής:
(1) Αμυλάσες
Η αμυλάση υδρολύει το άμυλο για την παραγωγή ζυμαρικών μαλτο-ολιγοσακχαριτών και μαλτόζης. Παράγεται κυρίως με βυθισμένη ζύμωση Bacillus subtilis και Bacillus licheniformis του γένους Bacillus και το τελευταίο παράγει θερμοσταθερά ένζυμα. Επιπλέον, παράγεται επίσης από βυθισμένους και ημι-στερεούς ζύμωση με στελέχη Aspergillus και Rhizopus, η οποία είναι κατάλληλη για επεξεργασία τροφίμων. Η αμυλάση χρησιμοποιείται κυρίως για την παρασκευή ζάχαρης, την υφαντουργική κατεργασία, την επεξεργασία πρώτων υλών ζύμωσης και την επεξεργασία τροφίμων. Η γλυκοαμυλάση μπορεί να υδρολύσει το άμυλο σε γλυκόζη, η οποία τώρα παράγεται σχεδόν όλα από την Aspergillus niger βυθισμένη ζύμωση για παραγωγή ζάχαρης, παραγωγή αλκοόλ, επεξεργασία πρώτων υλών ζύμωσης κ.λπ.
(2) Πρωτεάση
Τα πιο χρησιμοποιούμενα στελέχη και ποικιλίες παραγωγής. Χρησιμοποιήστε Bacillus licheniformis, Bacillus pumilus και Bacillus subtilis για την παραγωγή βακτηριακής πρωτεάσης με βυθισμένη ζύμωση. χρησιμοποιήστε τη ζύμωση Streptomyces και Aspergillus για την παραγωγή ουδέτερης πρωτεάσης και πρωτεάσης οξέος Aspergillus για αποτρίχωση δέρματος, μαλάκυνση γούνας, φαρμακείο και βιομηχανία τροφίμων. Ορισμένα βακτήρια του γένους Mucor υποβάλλονται σε ημι-στερεά ζύμωση για την παραγωγή πυτιάς, η οποία αντικαθιστά την πυτιά που εξήχθη αρχικά από το μοσχάρι στομάχι στην παρασκευή τυριού.
(3) Ισομεράση γλυκόζης
Μια ποικιλία που αναπτύχθηκε γρήγορα στη δεκαετία του 1970. Πρώτον, η βυθισμένη ζύμωση χρησιμοποιείται για την απόκτηση κυττάρων Streptomyces. Μετά την ακινητοποίηση, το διάλυμα γλυκόζης μετατρέπεται σε σιρόπι που περιέχει περίπου 50% φρουκτόζη. Αυτό το σιρόπι μπορεί να χρησιμοποιηθεί στη βιομηχανία τροφίμων αντί για σακχαρόζη. Η χρήση αμυλάσης, γλυκοαμυλάσης και ισομεράσης γλυκόζης για την παραγωγή σιροπιού φρουκτόζης από άμυλο αραβοσίτου έχει γίνει μια από τις αναδυόμενες βιομηχανίες ζάχαρης.