Η υδροχλωρική κυστεαμίνη μπορεί να χρησιμοποιηθεί στην παρασκευή καλλυντικών, πρόσθετων υλών ζωοτροφών, αντι-ελκωτικού φαρμάκου, μπορεί επίσης να εφαρμοστεί στην παρασκευή βιοχημικού αντιδραστηρίου και σύνθετου παράγοντα βαρέων ιόντων κρέατος. Μπορεί να αντιδράσει με το ένζυμο του ανθρώπινου σώματος και να σταθεροποιήσει την απόδοσή του όταν υπάρχει ακτινοβολία, επομένως, μπορεί να χρησιμοποιηθεί για τη θεραπεία του συνδρόμου ακτινοβολίας και του δηλητηρίου του τετρααιθυλικού μολύβδου. Μπορεί να γίνει σε δισκία ή ενέσιμα.